Istotą struktury organizacyjnej przedsiębiorstwa są zależności (relacje) między jednostkami organizacyjnymi. Interpretowana w ten sposób struktura organizacyjna przedsiębiorstwa postrzegana jest jako narzędzie zarządzania [Nalepka, 2001, s. 17], gdyż ogranicza dowolność działań elementów organizacji i tym samym zwiększa ich przewidywalność, a w efekcie sterowalność. Struktura organizacyjna jest zatem jednym z ważniejszych czynników decydujących o efektywności przedsiębiorstwa. Trzeba zauważyć, że przez strukturę organizacyjną całościowe procesy są dekomponowane na funkcje poszczególnych jednostek organizacyjnych [Trzcieliński, 1999, s. 6], co powoduje, że granice organizacyjne (w koncepcji BPO) traktowane są jako przeszkoda w ich efektywnym przepływie. Oznacza to zatem, że niewłaściwa struktura organizacyjna, to jest struktura akcentująca autarkiczność wąsko wyspecjalizowanych jednostek organizacyjnych, koordynowanych poprzez mechanizm regulacji hierarchicznej, może być poważnym ograniczeniem wdrażania tej koncepcji. Powyższą hipotezę popierają opublikowane wyniki badań naukowych, które wskazują, że stopień dostosowania struktury organizacyjnej do realizowanych w firmie procesów wpływa na efektywność całego przedsiębiorstwa [Bełz, 2000, s. 11]. W tym sensie orientacja procesowa, zakładająca poziomą perspektywę działań przedsiębiorstwa, oraz idea tradycyjnych pionowo rozczłonkowanych struktur organizacyjnych są koncepcjami w dużym stopniu przeciwstawnymi. Jak wynika
z analizy literaturowej oraz z przeprowadzonych badań własnych, wdrożenie nowych
i racjonalnych toków procesów w „starej” strukturze organizacyjnej może spowodować istotne zmniejszenie ich sprawności, a co za tym idzie, sprawności całego przedsiębiorstwa.
W literaturze przedmiotu, a także w praktyce organizatorskiej, wymienia się dwa podejścia mające na celu ograniczenie konfliktów występujących pomiędzy pionowo rozczłonkowaną strukturą organizacyjną a orientacją procesową: podejście rewolucyjne, którego elementem jest wdrożenie procesowej struktury organizacyjnej, oraz podejście ewolucyjne, zakładające stopniowe dostosowywanie istniejącego rozwiązania strukturalnego
do występujących w przedsiębiorstwie procesów.
Zauważyć jednak należy, że kwestia struktury organizacyjnej przedsiębiorstwa jest często pomijana przy wdrożeniach orientacji procesowej oraz systemów informatycznych klasy Workflow wspierających wspomniane podejście, pomimo wyraźnych przesłanek literaturowych i empirycznych informujących, że wdrożenie nowych (m.in. zinformatyzowanych) i racjonalnych toków procesów w „starej” strukturze organizacyjnej może spowodować istotne zmniejszenie ich efektywności, a co za tym idzie, efektywności całego przedsiębiorstwa.
Jest to swego rodzaju luka w obecnych i praktycznie wykorzystywanych metodykach wdrożeniowych koncepcji bazujących na procesach przedsiębiorstwach, która jednak znalazła swoje odbicie w badaniach empirycznych.